Nueva doctrina del tribunal supremo en las deducciones fiscales por I+D+i

De acuerdo con el art. 35.4 de la vigente Ley 27/2014, de 27 de noviembre del Impuesto sobre Sociedades (en adelante, LIS), para la aplicación de la deducción por actividades de I+D+i, los contribuyentes podrán aportar un informe motivado emitido por el ministerio competente (actualmente, el Ministerio de Transformación Digital y Función Pública) relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos para calificar las actividades del contribuyente como I+D+i.

La normativa previa del Impuesto sobre Sociedades aplicable hasta 2014 también contenía una previsión similar (en aquellas fechas, era competente el Ministerio de Ciencia e Innovación).

Este informe, según la LIS, es vinculante para la Administración tributaria.

Sin embargo, en determinadas actuaciones de comprobación por parte de la AEAT de las deducciones en el Impuesto sobre Sociedades por actividades calificadas como I+D+i, la Inspección de los Tributos ha cuestionado y neutralizado el valor probatorio de dictámenes vinculantes del Ministerio de Ciencia competente, mediante unos documentos internos de funcionarios de la propia Administración Tributaria que han rebatido y contradicho los dictámenes vinculantes emitidos por el Ministerio de Ciencia, impidiendo o trabando la aplicación del beneficio fiscal en estos casos.

Hasta la presente fecha, la Audiencia Nacional ha emitido fallos que han sostenido y avalado que la Inspección pudiera investigar y cuestionar las deducciones practicadas por las empresas pese a que éstas contasen con el aval del Ministerio de Ciencia.

No obstante, ahora el Tribunal Supremo ha aclarado en tres recientísimas sentencias de octubre de 2024, cómo deben aplicarse los beneficios fiscales vinculados a los proyectos de I+D+i  y ha resuelto las discrepancias entre el Ministerio de Ciencia y el de Hacienda, anulando las respectivas sentencias previas de la Audiencia Nacional que respaldaron que la Agencia Tributaria tuviera la última palabra sobre la aplicación de las deducciones fiscales recogidas en la Ley del Impuesto sobre Sociedades. 

En los referidos fallos, el Alto Tribunal concibe que el informe a que se refiere el artículo 35.4 de la LIS vincula a la Administración Tributaria en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante del concepto (de I+D o de innovación tecnológica), sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva. 

Este tipo de informe no puede ser, por tanto, ni rebatido ni ignorado por los órganos de la Administración Tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta. 

Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, o los requisitos para gozar de un derecho, vinculante por ministerio de la Ley para la Administración emisora, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de otro órgano de la propia Administración, salvo en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica. 

El Tribunal Supremo concluye, sobre la base de los anteriores razonamientos, que la actuación de la Agencia Tributaria en los casos examinados es contraria a los principios de seguridad jurídica y confianza legítima, al desnaturalizar los fines perseguidos por el legislador con la deducción, como son incentivar con beneficios fiscales las actividades de I+D+i y la inversión en proyectos que supongan la actualización de las empresas y su mayor competitividad.